清朝末年，面對時代洪流，棄舊立新似是當前大勢，作為末代御醫，救得了皇帝性命，卻無力主宰國家興亡。

戊戌變法失敗，光緒被囚於瀛台，慈禧太后再次垂簾聽政。北京城內一位醫師杜仲（郭晉安飾），生性自負，恃才傲物，對到來求醫之達官貴人也不屑逢迎，不時擺出臭臉，卻因醫術高明反而得到一眾權貴青睞。其時慈禧太后（羅蘭飾）身染怪病，杜仲奉命入宮，憑著敏銳觸覺迅速治好之。慈禧對杜仲大為欣賞，破格封杜仲為御醫。

杜仲進入太醫院後，獲指派專責宮中奇難雜症，憑著天賦一一拆解懸案。其後，杜仲又因揭破皇帝光緒（敖嘉年飾）遭人慢性下毒，得到皇上的信任。杜仲發覺光緒實是有為君主，可惜處處受人制肘，有志難伸，遂設法令他重新振作，自己卻不自覺捲入連場政治風暴。

杜仲當年為報救父之因，迎娶世交殘障女兒洪百合（賈曉晨飾）為妻，惟妻子不能生育，杜仲遵從家人和岳父意見納跌打館繼承人伏苓（楊怡飾）為妾。成親當晚，伏苓竟與情郎私奔，杜仲眼見伏苓寧死不屈大為感動，寫下休書成全二人。惜伏苓南下廣州後遭情郎拋棄，繼而投身革命行列，從事情報工作。

伏苓奉命返回京城，與杜仲重遇，因經常上門為其妻百合按摩推拿而成為好友。伏苓覷準杜仲的御醫身份，經常出入皇宮，遂利用杜仲穿針引線，藉著與杜仲合力醫病，與潛入宮中收集情報。二人合力破解了不少“醫案”，日久生情。

隨著八國聯軍攻入京城，杜仲和伏苓歷經生死，終確認彼此深情，惟伏苓深怕革命黨員身份禍及杜仲，只得按捺愛意。然而紙始終包不了火，伏苓身份終被揭開，杜仲內心掙扎。同時，革命黨人為免杜仲揭露秘密，竟命伏苓殺人滅口。

(資料來源:百度百科)