劇名「滿清十三皇朝」，源自民國八年（1919年）燕北老人所著《滿清十三皇朝秘史》。二者描寫的俱為努爾哈赤建立的後金國與清朝共十二位皇帝（包含十一代，同治帝和光緒帝為堂兄弟）。燕北老人因為皇太極（清太宗）將國號由「金」改「清」，年號亦由天聰改為崇德，算兩個朝代。故稱之為「滿清十三皇朝」。

從咸豐到同治。

咸豐十一年，帝崩，傳位於年僅六歲之小皇子載淳。帝崩前授命肅順、載垣等八人為顧命大臣，慈禧遂與恭親王奕䜣密謀誅肅順，定為“辛酉政變”。之後，慈禧與慈安兩宮垂簾，並由恭親王奕䜣為議政王，把持政務。六歲小皇子儲立為帝，改為同治年號，同治登位，年僅六歲，一切政務皆由生母慈禧太后和恭親王主持。慈禧本一位極有野心之婦人，兩宮垂簾後，便以太后身份政事上每加意見，干預朝政。恭親王早就看出其政治野心和權力慾望，故處理政事時明爭暗鬥，衝突遂起。同治因慈禧專注於政事，加上慈禧之專橫，缺乏生母關懷，更加親近宅心仁厚慈安太后。因此，慈禧與同治之間母子感情便日漸疏離。