《洗冤集錄》或名《洗冤錄》著於宋代，是法醫史上的驚世巨著，本劇將其作者宋慈改編成一個生於棺材內的遺腹子。

宋慈（歐陽震華飾）因其出生自小飽受歧視，一直靠打更為生，不料因一宗土地糾紛而找上村長理論，與女流氓唐思（宣萱飾）意外地捲入謀殺村長一案，雙雙被判死刑。後得到新任知縣宋翊（林文龍飾）及對屍檢工作富於經驗的馬貴（劉江飾）相助，才沉冤得雪。宋翊聘請宋慈為仵作，在兩人合作下屢破奇案，聲名大噪。另，唐思因宋翊再造之恩，暗生情愫，但宋翊已與女捕快聶楓（陳妙瑛飾）發展感情。

突然，一名與宋翊長得一模一樣的人出現，原來知縣宋翊一直是方俊假冒。方俊為掩飾罪狀，將真宋翊殺死，及後富家女藍彩蝶（姚瑩瑩飾）任性妄為，設計宋翊(方俊)向自己提親，方俊遂拋棄聶楓而娶藍彩蝶為妻。然而，藍家早已剩下空殼，方俊有感藍彩蝶為其負累，遂設計陷害。後來，宋翊父母發現兒子是方俊假冒，更被方俊殺害。方俊雖屢屢犯案，但每次行兇均小心謹慎，並徹底毀屍滅跡。宋慈對於連串兇案毫無頭緒之際，竟意外發現真宋翊的屍首，究竟宋慈能否將方俊繩之以法？