主人公鍾華（尹昉飾演）是一個生活在都市中的網絡寫手，同時也是地下搖滾歌手和專業黑客，為了生計不得不幫音樂公司的老闆做些“五毛黨”的勾當，日子過得很宅，如果說有什麼幸運的事兒，就是他勾搭上了一個沒出名的小歌手萌萌（黃幻飾演），而不幸的是，那個小歌手卻是老闆的情人……對於性和愛情其實分的不很清楚的鍾華為了“還債”答應音樂公司的老闆盡力把小歌手捧紅，而這時他接到了多年沒有音訊的父親發來的郵包，在郵包裡竟然藏著一段在文革歲月中的淒婉故事……

“一首歌，兩代人，三段故事，四種曲風”，這是崔健對《藍色骨頭》極為簡練的介紹，後來，他又多透露了點內容，這部電影在他2005年製作專輯《給你一點顏色》時就已經成形，電影講述了一個擁有多重身份的年輕男子鍾華，勾搭了一個小歌手萌萌，但萌萌卻是老闆的情人……鍾華父親的一個郵包又牽出文革期間的一段淒婉故事。

電影將分為三個篇章，《藍色骨頭》這首歌貫穿始終。在電影《藍色骨頭》中，觀眾將聽到四種曲風的《藍色骨頭》。這首歌是崔健2005年專輯《給你一點顏色》的主打歌，也是他個人以搖滾的態度看人生的真實寫照。